Résumé

Abstract

Gene expression at the level of mRNA transcription from DNA is regulated through different mechanisms, the most widely studied being regulation by transcription factors (TFs). These DNA-binding proteins control gene expression by interacting with cis-regulatory elements (CREs) in the promoters of their target genes. DNA-binding domains are in general highly conserved and their characteristics are used to classify TFs into families. Transcriptional control of gene expression influences many biological processes such as responses to the environment or stress and regulation of metabolic pathways. The sequencing of model plant genomes has allowed many genes coding for TFs to be identified.

We have created an extensive list of wheat (Triticum aestivum L) transcription factor sequences based on sequence homology with rice TFs identified and classified in DRTF (http://drtf.cbi.pku.edu.cn/). The inventory Database of Wheat Transcription Factor (wDBTF) collected 7,112 wheat sequences (contigs and singletons) from a dataset of 1,033,960 ESTs and mRNAs (ETs) sequences available in September 2009 (http://compbio.dfci.harvard.edu/), classified into 40 families and 84 subfamilies. Expression information was given with a link for each accession to its library source. The Affymetrix ID of individual TFs if their sequences are represented in the wheat Affymetrix genome array was also provided. The presence of PFAM domain was searched for each sequence and PFAM positions were given whenever it was detected.

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TIGR Rice	TIGR Wheat	PFAM	DRTF	PUBMED

The work illustrated by this data base has been published.
Please cite : Romeuf I. et al. 2009 (submitted)

Contact

This work has been done in the Grain development and quality team in Clermont-Ferrand, group leader Gérard BRANLARD (gerard.branlard(at)clermont.inra.fr).
Please send your comments and questions concerning the database to Dominique TESSIER: dominique.tessier(at)nantes.inra.fr
INRA de Clermont-Ferrand, Site de Crouël, UMR 1095 Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), 234 avenue du Brézet, 63100 CLERMONT-FERRAND, France- Tél : +33 (0)4 73 62 43 21
Responsible for publication: Gilles CHARMET, director of the UMR 1095 GDEC research unit

Résumé en français

L'expression des gènes est régulée par différents mécanismes, le plus étudié étant la régulation par des facteurs de transcription (FT). Ces protéines de liaison à l'ADN contrôlent l'expression des gènes en interagissant avec les éléments cis-régulateurs (CRE) des séquences promotrices de leurs gènes cibles. Les domaines de liaison à l’ADN sont en général très conservés et leurs caractéristiques permettent la classification des facteurs de transcription en familles. Le contrôle transcriptionnel de l'expression génique influence de nombreux processus biologiques tels que les réponses aux stress ou à l'environnement et la régulation de voies métaboliques. Le séquençage des génomes de plantes modèles a permis à l’identification de nombreux gènes codant pour des facteurs de transcription.

Cette base de données contient une liste la plus exhaustive possible de séquences de facteur de transcriptions identifiées chez le blé (Triticum aestivum L). L’identification des séquences de FT est basée sur une homologie de séquence avec les FT de riz identifiés et classés dans DRTF (http://drtf.cbi.pku.edu.cn/). Ainsi, la base de données wDBTF répertorie 7126 séquences FT de blé (contigs et singletons) classés en 40 familles et 84 sous-familles. L’information concernant la banque d’origine des EST est accessible pour chaque accession ainsi que l’identifiant Affymetrix pour les FT dont la séquence est représentée sur le microarray. La présence de domaine PFAM a également été recherchée pour chacune des séquences et les positions sont indiquées dans le tableau.

Contact

Ce travail a été réalisé au sein du groupe développement et composition du grain à Clermont-Ferrand. Responsable Gérard BRANLARD (gerard.branlard(at)clermont.inra.fr). La base de données a été créée et est administrée par Dominique Tessier : (dominique.tessier(at)nantes.inra.fr).

Last update: October 2009 

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